La investigación como función sustantiva en la Universidad, inicia en 1980 a partir del proyecto de investigación con especies menores que presenta el Dr. Carlos Beyer Flores, académico de la Universidad Autónoma Metropolitana. La función aparece de manera institucional con la reforma de la Ley Orgánica de 1981, cuando la secretaría general se divide en: “académico, administrativo, de finanzas, de extensión universitaria y de investigación de la Universidad”. (LO19VIII1981).

Actualmente la Universidad cuenta con 7 Centros de Investigación. 4 en Ciencias Biológicas: en Reproducción Animal (CIRA), en Ciencias Biológicas (CICB), en Genética y Ambiente (CIGyA), en Biología de la Conducta (CTBC) y 3 en Ciencias Sociales: Interdisciplinario sobre Desarrollo Regional (CIISDER), Jurídico políticas (CIJUREP) y Ciencias Administrativas (CICA). En ellos laboran 116 académicos de tiempo completo, de los que 30 se ubican en los centros de biológicas y 20 en los de sociales y estos pertenecen al Sistema Nacional de Investigadores (S.N.I.).

La misión de la Secretaría de Investigación Científica y Posgrado (SICyP) es: “Producir conocimientos de frontera para la formación y actualización de profesionales que contribuyan al desarrollo sostenible de la humanidad”. Cuenta con una estructura formada por 3 unidades: para el Desarrollo de la Capacidad Académica, para el Desarrollo de la Competitividad Académica, y para la Difusión y Divulgación de la Ciencia.

La Secretaría de Investigación Científica y Posgrado se integra por 3 unidades: Para el desarrollo de la capacidad académica, para el desarrollo de la competitividad académica y para la difusión y divulgación de la ciencia. Además de una unidad administrativa.