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Facultad de Agrobiología
| | Maestría en Ciencias en Gestión Integral de Cuencas Hidrográficas campus Ixtacuixtla |
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Facultad de Odontología
| | Especialidad en Endodoncia campus Tlaxcala |
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Facultad de Ciencias Básicas Ingeniería y Tecnología
| | Doctorado en Ciencias en Ingeniería Química campus Apizaco |
| | Doctorado en Ciencias en Sistemas Computacionales y Electrónicos campus Apizaco |
| | Maestría en Ciencias en Ingeniería Química campus Apizaco |
| | Maestría en Ingeniería de Software campus Apizaco |
| | Maestría en Matemáticas campus Apizaco |
| | Maestría en Uso y Gestión de las Tecnologías de la Información campus Apizaco |
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Facultad de Trabajo Social, Sociología y Psicología
| | Maestría en Ciencias Sociales campus Tlaxcala |
| | Maestría en Estudios de Género campus Tlaxcala |
| | Maestría en Trabajo Social campus Tlaxcala |
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Facultad de Ciencias para el Desarrollo Humano
| | Doctorado en Ciencias Aplicadas a la Educación Especial campus Tlaxcala |
| | Maestría en Educacion Especial campus Tlaxcala |
| | Maestría en Terapia Familiar campus Tlaxcala |
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Centro Tlaxcala de Biología de la Conducta
| | Doctorado en Ciencias Biológicas campus Tlaxcala |
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Centro de Investigación en Ciencias Administrativas
| | Doctorado en Ciencias Administrativas campus Tlaxcala |
| | Maestría en Administración campus Tlaxcala |
| | Maestría en Administración Tributaria campus Tlaxcala |
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Centro de Investigaciones Interdisciplinarias Sobre Desarrollo Regional
| | Doctorado en Estudios Territoriales campus Tlaxcala | |
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Facultad de Diseño, Arte y Arquitectura
| | Maestría en Diseño del Espacio Interior campus Contla de Juan Cuamatzi |
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