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Facultad de Ciencias de la Salud
| | Especialidad en Enfermería Perinatal campus Zacatelco |
| | Especialidad en Salud Pública campus Zacatelco |
| | Maestría en Ciencias de la Salud Pública campus Tlaxcala |
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Facultad de Odontología
| | Maestría en Estomatología Integral del Niño y el Adolescente campus Tlaxcala |
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Facultad de Ciencias Básicas Ingeniería y Tecnología
| | Doctorado en Ciencias en Ingeniería Química campus Apizaco |
| | Maestría en Ciencias de la Calidad campus Apizaco | | | Maestría en Ciencias en Ingeniería Química campus Apizaco |
| | Maestría en Uso y Gestión de las Tecnologías de la Información campus Apizaco |
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Facultad de Trabajo Social, Sociología y Psicología
| | Doctorado en Ciencias Sociales campus Tlaxcala |
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Facultad de Ciencias de la Educación
| | Especialidad en Educación Inicial y Gestión de Instituciones campus Tlaxcala |
| | Maestría en Educación Inicial y Gestión de Instituciones campus Tlaxcala |
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Facultad de Filosofía y Letras
| | Maestría en Estudios del Discurso y Literacidades Académicas campus Tlaxcala |
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Centro Tlaxcala de Biología de la Conducta
| | Maestría en Ciencias Biológicas campus Tlaxcala |
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Centro de Investigación de Ciencias Biológicas
| | Maestría en Biotecnología y Manejo de Recursos Naturales campus Ixtacuixtla |
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Centro de Investigación en Genética y Ambiente
| | Maestría en Ciencias en Sistemas del Ambiente campus Ixtacuixtla |
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Centro de Investigaciones Jurídico-Políticas
| | Doctorado en Derecho y Argumentación Jurídica campus Tlaxcala |
| | Maestría en Derecho Constitucional y Procesal Constitucional campus Tlaxcala |
| | Maestría en Derecho Penal Contradictorio Adversarial campus Tlaxcala |
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Unidad Académica Multidisciplinaria campus Calpulalpan
| | Maestría en Educación campus Calpulalpan |
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Centro de Investigación Educativa
| | Doctorado en Investigación Educativa campus Tlaxcala |
| | Maestría en Desarrollo Educativo e Investigación campus Tlaxcala |
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