En 2018, el CIISDER cumplió 25 años de haberse fundado, en dos décadas y medias, el centro se ha distinguido, por una parte, por su contribución en la generación de conocimientos a través de la investigación científica en tres áreas: el análisis regional, los estudios regionales y desarrollo regional agrupados en grupos de investigación, más recientemente por medio de los Cuerpos Académicos, de éstos se han consolidado cuatro líneas de investigación, los estudios urbano regionales, los estudios del poder y conflicto, la relación naturaleza sociedad y los estudios de género, educación, la producción científica de éstos ha permitido, incrementar de forma positiva el número de investigadores reconocidos por el sistema nacional, se han editado casi una centena de libros y se ha contribuido de forma importante en la producción de artículos en revistas arbitradas e indizadas, hoy en día la mayoría de los investigadores del centro cuentan con estudios de doctorado, por otra parte, el centro forma recursos humanos a través de la maestría en análisis regional, este posgrado ha acompañado al Ciisder desde prácticamente su fundación, ya son más de veinte generaciones, la formación en nuestro posgrado ha favorecido que haya un importante número de egresados que han o están haciendo estudios de doctorado al interior del país, en universidad reconocidas a nivel nacional e internacional, la maestría se han mantenido por muchos años en el padrón nacional de posgrado de calidad, PNPC, en 2015 fue evaluada y logró transitar a una posgrado consolidado en el área de investigación, la maestría es reconocida a nivel nacional e internacional, de hecho en las últimas promociones se han matriculado estudiantes del extranjero y de diversas regiones del país.
En 2016 ha iniciado un ejercicio metodológico para construir una visión de largo plazo, la que apunta al año 2036, en los que debe transitar hacia la consolidación del Instituto de Investigaciones Interdisciplinarias sobre Desarrollo Regional y Estudios Territoriales como uno de los institutos en ciencias sociales reconocidos a nivel nacional e internacional por su calidad en los ámbitos de la investigación científica de frontera y por contar con oferta educativa pertinente de educación superior en los niveles de doctorado, maestría y licenciatura, éstos que respondan y se vincule con lo local, regional, nacional e internacional.
